Hola Smog:
El tamaño de la ventana depende de la resolución a la que tengas el juego, es decir, la marca el msts.
Si tu pantalla es un TFT de 1024x768 y el msts puesto a resolución 1024x768 pues la ventana te ocupará toda la pantalla. Eso si, la podrás mover, pero no redimensionar.
MSTS en ventana va muy bien cuando se hacen pruebas... y de conya si tienes una panorámica, como es mi caso
La resolución de mi pantalla es 1680x1050 y cuando ejecuto el msts en ventana de 1280x1024 me va de perlas para estar editando el eng, el cvf, etc... sin tener que andar minimizando el simulador.
Saludos.