Lo mejor para ir al aeropuerto, sin duda es el Metro, te deja bastante bien, de hecho, no se puede llegar en Cercanías todavía.
El mejor trayecto, tanto si te bajas en chamartín como si te bajas en Atocha, es cogerte un cercanías a Nuevos Ministerios y ahí puedes coger la línea 8 que te lleva en apenas 12minutos al aeropuerto...
... Así era antes, ahora, bienvenido a Metromadrid en Agosto, hay numerosos cortes por toda la red y uno de ellos te afectará directamente, la línea 8 tiene un tramo entre Colombia y Mar de Cristal cortado, pero puedes seguir de Colombia a Mar de Cristal mediante los buses gratuitos que pone metro por superficie, luego en Mar de Cristal puedes continuar tu trayecto al aeropuerto.
http://www.metromadrid.es/05_obras_L8a.asp
http://www.metromadrid.es/acc_resources ... o_2006.pdf
Aún así... dormirás en el aeropuerto.
Buen viaje.